Больница была основана в 1937 году. Она была построена для Западной железной дороги, но передана в ведение МПС в целом, и оснащена самым современным для 1930-х годов оборудованием.

С началом Великой Отечественной Войны многие врачи, медицинские сестры и другие работники больницы отправились на фронт. Среди них 30 врачей, 34 медицинских сестры, 10 санитаров и санитарок, 54 работника хозяйственной части. Не все вернулись с фронта: пять человек погибло.

Больница была переоборудована и преобразована в эвакуационный госпиталь № 1362, а сотрудники переведены на казарменное положение. В октябрьские дни 1941 г. больница приняла первых раненых. Во время войны ЦКБ НКПС руководил профессор Панченков Тихон Петрович. В 1943 году эвакогоспиталь посетила Клементина Черчилль, супруга премьер-министра Великобритании. Они привезла в дар больнице комплекты хирургических инструментов, которые ещё потом долго использовали специалисты этой клиники.

Несмотря на все военные невзгоды, в больнице не прекращался и педагогический процесс. Более тысячи врачей за годы войны окончили здесь краткосрочные курсы повышения квалификации по военно-полевой хирургии. На циклах военного времени было подготовлено 750 хирургов. Всего в больнице за годы войны была оказана помощь в лечении свыше 8760 раненым воинам. В больнице продолжалась и научная работа.

За годы войны усилиями медиков больницы, в том числе и тех, кто погиб на фронте, спасая жизнь бойцам, в строй вернулось более 10000 тяжелораненых солдат и офицеров.

Сегодня ЦКБ N 1, входящая в структуру ОАО «Российские железные дороги», — это медицинское учреждение федерального железнодорожного транспорта, имеющее статус научно-практического и образовательного медицинского центра. В стенах больницы постоянно разрабатываются и внедряются в практику новейшие, высокотехнологичные методики лечения, позволяющие быстро и наиболее эффективно лечить многие заболевания, включая тяжелую и сочетанную патологию.

Медицинскую помощь пациентам в Центрах и подразделениях больницы оказывают ведущие российские специалисты с мировым именем, в числе которых: академик РАПС, 13 профессоров, 21 доктор медицинских наук, 75 кандидатов медицинских наук, 117 врачей высшей категории, 8 заслуженных врачей Российской Федерации. На базе больницы работают 8 кафедр ведущих ВУЗов страны.

Основное направление деятельности ЦКБ N 1 ОАО «РЖД» и главный принцип ее работы — это оказание высококвалифицированной и научно обоснованной, высокотехнологичной амбулаторно-поликлинической, консультативно-диагностической, стационарной и реабилитационно-восстановительной медицинской помощи.